投資信託の運営には、販売を担当する金融商品取引業者・銀行（金融商品取引業者や銀行を通さず、投資信託会社が直接投資家に販売する「直販」もあります）、運用を担当する投資信託会社、そして資産管理を担当する信託銀行の3つの会社がかかわっています。 金融商品取引業者は、投資家が投資信託を購入する窓口となります。投資信託の目論見書やポスターなどでは、一般に「販売会社」と記載されています。金融商品取引業者は募集販売だけでなく、分配金や償還金の支払い、解約請求などさまざまなサービスの取扱を行います。
2007年（平成19年）1月より、「投資信託振替制度」が開始されます。
投資信託振替制度とは、投資信託の受益証券を電子化（ペーパーレス化）し、投資信託の設定や解約、償還等がコンピュータシステム上の帳簿（「振替口座簿」といいます。）の記録により行なわれる制度です。また、投資信託受益権は、原則、「社債等の振替に関する法律」の適用を受けるこことなり受益証券は発行されません。
各金融機関の役割
金融商品取引業者の主な業務
個人投資家が投信を購入する窓口です。
投資信託の購入や換金、および分配金・償還金の支払いなどは、金融商品取引業者を通じて行われます。また、金融商品取引業者では投資信託に関するいろいろな質問や相談も受付けており、いわば個人投資家と投資信託をつなぐ窓口となっています。
また、1999年からは、銀行も投資信託購入窓口となりました。
投資信託会社の主な業務
投資信託をつくり（設定）、資金を運用します。
信託財産の実質的な運用の指示を行います。常に、グローバルな観点から経済・金融情勢などに関するさまざまなデータを収集・分析し、専門的なノウハウを駆使しながら効率的に投資家から集めた資金を運用します。
信託銀行の主な業務
投資家から集めた資金の保管・管理をします。
投資家から集めた資金は（投資家が投資信託を購入した代金）、投資信託会社と信託契約を結んだ信託銀行が信託財産として安全に保管・管理し、信託財産の安全が図られるようになっています。
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